L'antica Biblioteca dell'Abbazia è situata nei locali del Complesso Museale e consta di circa 8.000 unità, tra testi a stampa e manoscritti.
Il nucleo originario della biblioteca è rappresentato da testi risalenti al XVI secolo: il libro più antico è datato 1534.
L'Inventario dell'Abbazia del 1521, redatto dal notaio Andrea Fiorentino su richiesta dell'Abate Commendatario Giovan Carlo Cossa, costituisce una testimonianza fondamentale circa le origini della nostra biblioteca poiché, anche se così analitico e preciso nel riportare tutti i diritti dell'Abate e nell'elencare tutti gli oggetti presenti nell'Abbazia, non fa riferimento alcuno né a libri, né a codici, né a documenti.
Non vi è quindi alcuna traccia, nel nostro patrimonio librario, lasciata dai benedettini che ressero per secoli l'Abbazia; si può dunque dedurre che, nel lasciare l'isola intorno alla fine del XV, i monaci portarono con sé l'archivio e la biblioteca.
La biblioteca deve considerarsi, quindi, la Biblioteca dell'Abbazia Commendata, nata verso la metà del XVI per opera del Cardinale Innico d'Avalos d'Aragona.
Il Cardinale Roberto Bellarmino, suo successore nel 1600, diede un ulteriore impulso alla biblioteca, che andò man mano arricchendosi di nuove opere. I successori del Cardinale Bellarmino continuarono nell'opera d'incremento del patrimonio librario, arricchendolo di testi scientifici, storici, letterari, geografici.

Tra i testi degni di nota è doveroso citare:

- Senensis Bernardini, OPERA OMINIA, Venetiis, apud Iuntas, 1591;
- CANON MISSAE, Romae, ex Typographia Iacobi Tornerii, 1587;
- Redoano Gulielmo, TRACTATUS DE SIMONIA, Venetiis, tip. Dominicus et Io.Baptista Guerreus, 1565;
- Ferum Ioannem, DOMINICAE PASSIONIS, Parisiis, apud Mogunt, 1553 ;
- S. Bonaventurae, OPERA OMINIA, Romae, ex typographia Vaticana, 1588;
- Abramo Ortellius, THEATRUM ORBIS TERRARUM, Antuerpiae, tip. A.C. Diesth, 1570;
- Bellarmino Roberto, EXPLANATIO IN PSALMOS, apud B. Zannetti, Romae, 1611;
- Scotti Marcello Eusebio, CATECHISMO NAUTICO, Napoli, nella stamperia Simoniaca, 1788;
- Muratori Ludovico Antonio, DEL GOVERNO DELLA PESTE E DELLE MANIERE DI GUARDARSENE, Modena, per Bartolomeo Soliani, Stamp. Duc., 1710;
- Muratori Ludovico Antonio, ANNALI D'ITALIA DAL PRINCIPIO DELL'ERA VOLGARE, Napoli, 1755;
- Otto antichi CORALI di cui quattro in pergamena (XVI-XVIII) (continua)